W powieści Stefana Żeromskiego występuje cała plejada bohaterów zarówno indywidualnych, jak i zbiorowych. Do bohaterów zbiorowych należą oczywiście barwnie opisani uczniowie klerykowskiego gimnazjum oraz grono pedagogiczne (nauczyciele). Wśród uczniów najważniejsze postacie to Marcin Borowicz, Andrzej Radek i Bernard Zygier, a także ich liczni koledzy ze szkolnej ławy (Tomasz Walecki "Figa", Marian Gontala, u którego odbywały się tajne spotkania, "Pieprzojad", Rutecki, "Balfegor", "Spinoza" i inni). Nauczycieli klerykowskiego gimnazjum zostali wymienieni i opisani w części poświęconej rusyfikacji (patrz tabelka).
Marcin Borowicz
To główny bohater powieści Stefana Żeromskiego, dlatego warto przyjrzeć się jego losom. Poznajemy Marcinka, gdy jest zaledwie ośmioletnim chłopcem (dużym , tęgim i muskularnym), który opuszcza rodzinne Gawronki, by udać się do wiejskiej szkoły elementarnej w Owczarach, ponieważ jego rodziców (zubożałych szlachciców) nie stać na korepetycje przygotowujące do nauki w gimnazjum. W szkole elementarnej Marcin zostaje wdrożony do obowiązkowego, w szkole pod zaborem, języka rosyjskiego. Nabywa tam podstawowej wiedzy i podobnej znajomości języka rosyjskiego. Wyjeżdża do Klerykowa, aby kontynuować naukę w gimnazjum. Dzięki matce, która załatwia mu korepetycje u jednego z nauczycieli klasy wstępnej (Majewski) Marcin dostaje się do rządowego gimnazjum klasycznego. Zostaje zainstalowany na stancji (u pani Przepiórkowskiej, zwanej "Przepiórzycą", starej znajomej matki chłopca) i wtłoczony w proces nabywania wiedzy wykładanej w obcym języku. Pierwsze lata nauki dla Marcina to ciągła walka ze strachem i poczuciem osamotnienia. Uczucia te wkrótce zostaną jeszcze pogłębione przez śmierć ukochanej matki. W okresie nauki w gimnazjum Marcin jest świadkiem i przedmiotem zabiegów rusyfikacyjnych zaborczej szkoły: od prymitywnych, jak zakaz używania języka polskiego, po bardziej wyrafinowane, jak system nagród dla gorliwych i podatnych na rusyfikację (wizyty w domu inspektora Zabielskiego, wycieczki na rosyjskie spektakle teatralne itp.). Marcin ulega wpływom Zabielskiego i staje się częstym gościem w jego domu (zresztą dzięki tej znajomości będzie mógł uratować z opresji ukaranego wyrzuceniem ze szkoły Andrzeja Radka). To czas, gdy chłopak poddaje się rusyfikacji: zachwyca się wielką literaturą rosyjską, godzi się na przekłamywanie historii Polski w imię "prawdy" historycznej, gloryfikuje historię imperium carów. Gdy jego kolega z klasy "Figa" Walecki protestuje przeciwko obrażaniu uczuć religijnych katolików, Marcin zajmuje stanowisko oportunistyczne:
Ja nie mogłem do wystąpienia namawiać kolegi Waleckiego, gdyż uważam za bardzo użyteczne te "dopełnienia", które nam właśnie czytał profesor Kostriulew. Był to krytyczny rzut oka na machinacje jezuitów w upadającej i upadłej Polsce.
Co do mnie, to utrzymuję stanowczo, że Kostriulew miał zupełną słuszność. W nauce historii chodzi o prawdę, o prawdę i jeszcze raz o prawdę.
Z tego stanu ducha (grożącego wynarodowieniem) wyrywa Marcina przybycie do szkoły nowego ucznia Barnarda Zygiera. Recytowana przez Zygiera na lekcji języka polskiego Reduta Ordona Adama Mickiewicza przypomina Borowiczowi, że jest Polakiem, budzi w nim uśpione - działaniem rusyfikatorów - poczucie narodowej tożsamości. Lektura Dziadów Mickiewicza dopełnia dzieła "przebudzenia się" Marcina:
Gdy Borowicz przeczytał Dziady, nie był w stanie z nikim mówić. Uciekł do najbliższego lasu i błąkał się tam pożerany przez nieopisane wzruszenie. [...] Poezja i literatura epoki Mickiewicza odegrała w życiu Marcina rolę niezwykle kształcącą. Przechodził wśród tych arcydzieł, jak przez chłostę, jak między szeregami osób, które na niego patrzały ze wzgardą. Dusza jego pod wpływem tej lektury mocowała się z własnymi błędami, ulepszała w sobie [...].
Odtąd Borowicz wraz z kolegami (m. in. Zygierem i Radkiem) spotykają się na potajemnych spotkaniach kółka samokształceniowego: uczą się niezafałszowanej historii Polski, czytają zakazane przez cenzurę dzieła wielkich romantyków, kształcą się również w naukach przyrodniczych.
W ostatnim roku nauki gimnazjalnej Marcin przeżywa młodzieńczą miłość do Anny Stogowskiej ("Biruty"), którą w milczeniu adoruje rozkochanym wzrokiem podczas spotkań w klerykowskim parku. Kiedy powraca z wakacji już po zdaniu matury i ukończeniu gimnazjum, a przed udaniem się na studia uniwersyteckie do Warszawy, nie zastaje w Klerykowie Biruty, która wraz z przeniesionym służbowo ojcem wyjechała w głąb Rosji. Ze stanu rozpaczy i odrętwienia wyrywa go znajomy głos Andrzeja Radka:
Cóż ci to, Borowicz, cóż ci to?
Marcin nie był w stanie rzec słowa, nie mógł patrzeć, wyciągnął tylko rękę i wspomógł się na siłach, czując uciśnienie kościstej, a jakby z żelaza urobionej prawicy Radkowej.
Andrzej Radek
To drugi obok Marcina Borowicza główny bohater powieści Syzyfowe prace. Syn fornala ze wsi Pajęczyn Dolny, którego dzieciństwo upłynęło na pasaniu najpierw gęsi, a potem świń. Życie Andrzeja odmienia się diametralnie w chwili, gdy spotyka na swojej drodze Antoniego Paluszkiewicza zwanego "Kawką" (dworskiego guwernera). Kawka dostrzega potencjał i zdolności chłopca i postanawia zapewnić mu wykształcenie. Kawka sam uczy chłopca czytać i pisać, a następnie ze swoich niewielkich funduszy opłaca mu naukę w czteroklasowym progimnazjum w Pyrzogłowach. Po śmierci chorego na gruźlicę Paluszkiewicza Radek utrzymuje się sam z korepetycji i wie, że dalszą naukę będzie musiał sfinansować sam - na wsparcie ubogich rodziców nie może liczyć. Po ukończeniu czterech klas w Pyrzogłowach Andrzej rusza piechotą do Klerykowa, by kontynuować naukę w piątej klasie tamtejszego gimnazjum. Szczęśliwym trafem udaje mu się załatwić stancję i utrzymanie w zamian za korepetycję. Praca korepetytora pochłania mu całe popołudnia, dlatego na własną naukę chłopak znajduje czas dopiero w nocy. Radej jest bardzo ambitny i uparty, dąży do wyznaczonego celu, znosi nie tylko trud związany z zarabianiem na siebie, ale również częste uwagi kolegów paniczów na temat swojego ubioru czy wymowy:
W klasie żaden z kolegów nie zbliżył się do niego, lecz owszem wszyscy go szykanowali. Zauważono natychmiast jego podkówki u juchtowych butów, drelichowe majtki, zgrzebną koszulę, tasiemkę i chłopskie prowincjonalizmy w mowie.
Andrzej z godnością znosi docinki kolegów, chociaż: Emocja jakiej doświadczał Radek [...] była z pewnością palącym wstydem, ale obok niego czaiła się zemsta ukryta w masce obojętności i wzgardy tak głęboko jak iskra w krzemieniu. Raz jednak, wyprowadzony z równowagi przez złośliwe uwagi, rzuca się z pięściami na prześladowcę i za pobicie zostaje wydalony ze szkoły. W tym momencie, który wydaje się przekreślać cały jego dotychczasowy trud, spotyka Marcina Borowicza, który wstawia się za nim u inspektora szkolnego i uzyskuje złagodzenie kary. Odtąd Radek zaprzyjaźnia się z Borowiczem (potem również z Zygierem i innymi chłopcami) i razem uczestniczą w spotkaniach na "górce" u Gontali. Kiedy Marcin opuszcza po ukończeniu szkoły Kleryków, jego przyjaciel jest już w klasie maturalnej. To właśnie Radek będzie pocieszał Marcina po utracie Biruty.